В школе используются в теории и на практике такие образовательные системы, как система «Развивающее обучение» (Д. Эльконина - В. Давыдова), педагогика "Монтессори" (для дошкольников и начальной школы), "Вальдорфская педагогика", "Свободная педагогика" (по идеям Л.Н. Толстого). Коллективом школы была разработана и введена новая педагогическая позиция – тьютора, который занимается сопровождением индивидуальной образовательной программы ребёнка. "Эврика" - победитель конкурса инновационных школ в рамках приоритетного национального проекта "Образование". Признанная инновационная площадка на уровне Томска, Сибири и Российской Федерации.